Puppenspieler Craig Schwartz nimmt einen neuen Job an. Er hofft auf mehr Geld und Anerkennung als in seiner bisherigen Arbeit. Die neue Stelle befindet sich an einem ungewöhnlichen, unwirklichen Ort mit einer viel zu niedrigen Decke. Dort trifft er auf die Büroangestellte Maxine, die einer seiner Puppen überraschend ähnelt. Bald findet Craig hinter einem Aktenschrank seines Büros den Eingang zu dem Kopf des Schauspielers John Malkovich. Er tritt ein und erlebt dort die wildesten Abenteuer.
Die Kinogänger dürfen sich knapp zwei Stunden amüsieren und mal so richtig durch John Malkovichs Kopf reisen.